תיאור של שלושה מפגשים מצחיקים עצובים המתרחשים כולם בשעות הקטנות של הלילה הישראלי. זוג נשוי, מורה ומזרחן, נוסעים הביתה בדרכם ממסיבה ונתקעים לפתע ללא דלק במקום בלתי מזוהה. העייפות, הכעס ההדדי והאלכוהול עושים את שלהם, ומה שמתחיל כויכוח - מי מביניהם אחראי למצב - הופך במהירות לדו-קרב מסחרר שבו כלי הנשק הם החותנת, האוברדרפט, האחריות לילדים, הבגידות הקטנות, הסקס שלאחר הנישואים וכו'... עד לסיום המפתיע. וירה כגן, זמרת אופרה מברית המועצות, מוצאת את עצמה עובדת באישון לילה במטבחה של מסעדת פועלים מזוהמת, כשבן זוגה לחיתוך הירקות וקילוף תפוחי האדמה הוא דוד, נכה מוזר ובודד. הפער המנטאלי והתרבותי בין השניים, לצד הבדידות והצורך הנואש של כל אחד מהם ליצור קשר, הופכים את המטבח הלילי לזירת התגוששות בה מועפים לאויר איומים, האשמות וירקות שונים... יעקב, נהג מונית נשוי ואב לילדים, חטא הלילה בפעם הראשונה, הוא אסף למוניתו אשה מוזרה שנמלטה מבעלה והתעלס עימה במושב האחורי של המונית. מה שנראה ליעקב כסטיה קלה חד-פעמית ובלתי מזיקה ממסגרת הנישואים, מתגלה כאיום על נישואיו ועל אורח חייו, איום ההולך וצומח אל תוך הלילה. ואם לא די בכך - מישהו זר ובלתי ידוע עלה על תדר מכשיר הקשר שלו ומשמיע בו בקשות לעזרה... "שלושה בלילה" הוא תמונת מצב מצחיקה-מרירה על אנשים שנתקעו באמצע הדרך, באמצע הלילה. הם מתחשבנים עם עצמם, עם חיי הנישואים שלהם, עם ישראליותם ועם העולם כולו.